Trong phần phim này, khán giả sẽ được quay lại những ký ức khi nhóc Shin vừa chào đời trong niềm hạnh phúc của cả gia đình. Thế nhưng một ngày kia, một người phụ nữ thuộc gia tộc Ninja Hesogakure đến tìm gia đình Shin và nói rằng cậu nhóc đã bị tráo đổi từ khi mới chào đời, cô ta mới chính là mẹ ruột của cậu. Shin theo Chiyome Hesogakure đến ngôi làng Ninja, tập luyện để trở thành một Ninja thực thụ. Tại đây, Shin-chan được biết về bí mật của “Rốn Trái Đất”, thứ mà các Ninja hết lòng bảo vệ. Nếu như nút chặn bị tuột ra, toàn nhân loại sẽ rơi vào thảm kịch. Nhóc Shin và gia đình sẽ phải làm gì để bảo vệ tương lai của thế giới và của chính họ? Bí mật đằng sau thân thế thực sự của Shin là gì?